The evaluation of the XooNIps content management system for research data database.

Neurotieteiden alalla on tarvetta tietokannoille tutkimustiedon monimuotoisuuden ja sen hallinnan vaikeuden vuoksi. Aivoja tutkivaa tietoa on haastavaa yhdistää ymmärrettäväksi kokonaisuudeksi, mikä on luonut tarpeen tietokantojen käytölle tutkimuksissa. Tietoa ei ole pystytty tallentamaan organisoidusti yhteen paikkaan. Tässä työssä tutkimusryhmän tiedon hallintaan valittiin japanilaisten neuroinformaatikkojen kehittämä XooNIps-sisällönhallintasovellus. XooNIps:n soveltuvuutta tutkimusryhmän käyttöön arvioitiin ryhmältä kerättyjä vaatimuksia vasten. Arviointi sisälsi sovelluksen käyttökokeilujen lisäksi XooNIps:n tietokannan takaisinmallinnuksen käsitteelliseksi malliksi ja sen vertailun kerättyjen vaatimusten mukaan laadittuun uuteen malliin. Vertailun tuloksena löydettiin yhtäläisyyksiä mallien välillä mutta myös eroja, joita uudelleen suunnitellulla mallilla pyrittiin löytämään. Uudelleen suunniteltu malli ottaa paremmin huomioon tietotyyppien metatietojen tallennuksen. Lisäksi tiettyjen tiedostotyyppien vaatimien otsikkotiedostojen tallennus onnistuu uudella mallilla. Vertailussa tuli esiin myös, että uudelleen suunnitellussa mallissa ei huomioida mahdollista kehittämiskohtaa hakemistopohjaisen tiedon tallennukseen, joka molemmissa malleissa on melko samankaltainen. Vertailulla onnistuttiin todentamaan, että uudelleen suunniteltu malli paransi alkuperäistä mallia. Vertailussa tuli kuitenkin myös ilmi, että uudelleen suunnitellussa mallissakin on kehitystarvetta. /Kir1

The rise of open source licensing : a challenge to the use of intellectual property in the software industry

Open source software – from Linux to Firefox and MySQL database – has changed software business as we knew it. New start-ups have challenged industry heavyweights from Microsoft to Oracle with innovative copyright licensing strategies and courageous anti-patent policies. Almost every major software company has been forced to react to the commodification trend. The overall argument of the book is that open source licensing has indeed changed the ways the software industry thinks of and actually uses intellectual property. The thesis further argues that the implications of open source to the management of intellectual property are twofold. First, intellectual property infringement risks must be taken more seriously when open source software is used. This is because open source increases the negative effects from the continuous expansion of intellectual property rights. Second, "Internet-businesses" are finally breaking through into software markets. This means that the value of intellectual property increases from sharing but also becomes more complex to appropriate. Finally, this book argues that open source can have relevant implications on intellectual property rights policy. First, openness balances commercial regulation. Open licensing systems have proved how potential drawbacks from overregulation can be fixed without state intervention. Second, open source also emphasizes a more material study of intellectual property rights. When a substantial number of right holders in a given industry decide not to enforce their core intellectual property rights – relying on economic-rational arguments – the premises of the policy discussion can be seen in a new light.reviewe

Kaunis kuin synti : femme fatalen kulttuuriset merkitykset 1800- ja 1900-lukujen vaihteen kuvataiteessa

Tutkielma käsittelee femme fatale -kuvatyyppiä suomalaisessa kuvataiteessa vuosina 1880–1925. Tutkielma tarkastelee tähän kohtalokkaita naisia esittäneeseen kuvatyyppiin kietoutuneita kulttuurisia merkityksiä ja pyrkii selvittämään mitä ne osoittavat suomalaisen yhteiskunnan sukupuoli- ja seksuaalikäsityksistä. Kuvatyypin on aiemmassa ulkomaisessa tutkimuksessa tulkittu kertovan ennen kaikkea yhteiskunnassa vallinneesta naisvihasta ja naisemansipaation käynnistymisen aiheuttamasta stressireaktiosta: femme fatale -hahmoa käytettiin arkkityyppinä pahantahtoisesta ja vaarallisesta, mutta vastustamattomasta naiseudesta. Siitä on luettavissa kuitenkin myös emansipoituneen naisen positiivinen kuvaus, ja vapautuva seksuaalielämä. Tämän lisäksi siihen on kietoutunut muita aikansa yhteiskunnallisia ja kulttuurisia ilmiöitä, kuten dekadentti taidesuuntaus, poliittisia keskusteluita ja yhteiskunnan maallistuminen. Tutkielman tarkoituksena on paikantaa ja analysoida näitä ilmiöitä kuvatyypistä kulttuurisesti kontekstualisoivaan kuva-analyysin keinoin. Tutkielman pohjana toimii laaja aineistokartoitus, jolla aiemmin Suomessa tutkimatonta kuvatyyppiä, sen ilmenemismuotoja ja yleisyyttä, on tarkasteltu. Ainestoa on etsitty museoiden kokoelmajärjestelmistä, finna-tietokannasta, ajan taiteen tutkimuksesta, huutokauppaluetteloista ja aikalaislehdistöstä. Tutkielma on ensimmäinen suomalaista femme fatale -kuvastoa tarkasteleva tutkimus. Aihepiiri on laajasti tutkittu eurooppalaisessa taidehistorian tutkimuksessa, mutta suomalaisessa tutkimuksessa sitä on käsitelty hajanaisesti muun naiskuvan yhteydessä, siihen kuitenkaan tarkemmin paneutumatta. Femme fatale -hahmoa pidetään keskeisenä naiskuvan ymmärtämisen suhteen, sillä se on tietynlainen ääriesimerkki. On usein todettu, että kyseessä olevana aikana yhteiskunta antoi naisille kaksi mahdollista identiteettiä: nainen oli joko hyvä kodinhengetär tai paha prostituoitu. Tämän dikotomian valossa kahtalokkaan naisen hahmo nousee keskeiseksi ajan sukupuoliroolien ymmärtämiseen, sillä se kattaa koko jälkimmäisen roolin. Suomalaisessa tutkimuksessa usein viitataan suomalaisen kuvataiteen femme fatale -hahmoihin, mutta tutkimuksen puuttuessa viittamisen kohde jää ylimalkaiseksi – tutkielma paikkaa tätä puutetta. Tutkielman johtopäätöksenä voidaan todeta, että suomalaisessa kuvataiteessa kohtalokas nainen sai laajasti hyvin erilaisia identiteettejä, jotka kantavat laajasti erilaisia yhteiskunnassa vallineita ajatusmalleja. Kohtalokas nainen on toiminut allegoriana langenneelle naiselle, joka sukupuolensa aiheuttamassa heikkoudessaan ei pysty vastustamaan viettejään ja ajautuu viettelemään miehiä ja ajamaan heidät perikatoon – näin se on kuva myös yhteiskunnan kaaokseen ajavasta naishahmosta. Tämän voidaan katsoa johtuvan vallineesta patriarkaalisesta yhteiskunnasta, jossa nainen haluttiin esittää heikompana kuin mies. Toisaalta kuvatyypin avulla on esitetty myös vahvoja naishahmoja, jotka eivät alistu heille osoitettuun paikkaan, vaan ovat itsetietoisia ja uhmakkaita. Näin se on edustanut myös naisasialiikkeen ajamaa uutta naiseutta, joka oli aktiivista, itsetietoista ja yhteiskuntaan osallistuvaa. Tämä on osaltaan seurausta sukupuoliroolien muuttumisesta 1800-luvun lopulta eteenpäin. Monin paikoin kuvatyyppi on myös eroottisuudessaan osoitus vapautuvista seksuaalimoraalin säännöksistä: niihin on kietoutunut sekä seksuaalisia fantasioita, että vapautuvan seksuaalisuuden vaarojen kuvauksia

Domain-Independent Inhibition of CBP/p300 Attenuates alpha-Synuclein Aggregation

Neurodegenerative diseases are associated with failed proteostasis and accumulation of insoluble protein aggregates that compromise neuronal function and survival. In Parkinson's disease, a major pathological finding is Lewy bodies and neurites that are mainly composed of phosphorylated and aggregated alpha-synuclein and fragments of organelle membranes. Here, we analyzed a series of selective inhibitors acting on multidomain proteins CBP and p300 that contain both lysine acetyltransferase and bromodomains and are responsible for the recognition and enzymatic modification of lysine residues. By using high-affinity inhibitors, A-485, GNE-049, and SGC-CBP30, we explored the role of two closely related proteins, CBP and p300, as promising targets for selective attenuation of alpha-synuclein aggregation. Our data show that selective CBP/p300 inhibitors may alter the course of pathological alpha-synuclein accumulation in primary mouse embryonic dopaminergic neurons. Hence, drug-like CBP/p300 inhibitors provide an effective approach for the development of high-affinity drug candidates preventing alpha-synuclein aggregation via systemic administration.Peer reviewe

Prognostic Role of Tumor Immune Microenvironment in Pleural Epithelioid Mesothelioma

BackgroundPleural mesothelioma (MPM) is an aggressive malignancy with an average patient survival of only 10 months. Interestingly, about 5%-10% of the patients survive remarkably longer. Prior studies have suggested that the tumor immune microenvironment (TIME) has potential prognostic value in MPM. We hypothesized that high-resolution single-cell spatial profiling of the TIME would make it possible to identify subpopulations of patients with long survival and identify immunophenotypes for the development of novel treatment strategies. MethodsWe used multiplexed fluorescence immunohistochemistry (mfIHC) and cell-based image analysis to define spatial TIME immunophenotypes in 69 patients with epithelioid MPM (20 patients surviving >= 36 months). Five mfIHC panels (altogether 21 antibodies) were used to classify tumor-associated stromal cells and different immune cell populations. Prognostic associations were evaluated using univariate and multivariable Cox regression, as well as combination risk models with area under receiver operating characteristic curve (AUROC) analyses. ResultsWe observed that type M2 pro-tumorigenic macrophages (CD163(+)pSTAT1(-)HLA-DRA1(-)) were independently associated with shorter survival, whereas granzyme B+ cells and CD11c(+) cells were independently associated with longer survival. CD11c(+) cells were the only immunophenotype increasing the AUROC (from 0.67 to 0.84) when added to clinical factors (age, gender, clinical stage, and grade). ConclusionHigh-resolution, deep profiling of TIME in MPM defined subgroups associated with both poor (M2 macrophages) and favorable (granzyme B/CD11c positivity) patient survival. CD11c positivity stood out as the most potential prognostic cell subtype adding prediction power to the clinical factors. These findings help to understand the critical determinants of TIME for risk and therapeutic stratification purposes in MPM.Peer reviewe

High tumor cell platelet-derived growth factor receptor beta expression is associated with shorter survival in malignant pleural epithelioid mesothelioma

Malignant pleural mesothelioma (MPM) has a rich stromal component containing mesenchymal fibroblasts. However, the properties and interplay of MPM tumor cells and their surrounding stromal fibroblasts are poorly characterized. Our objective was to spatially profile known mesenchymal markers in both tumor cells and associated fibroblasts and correlate their expression with patient survival. The primary study cohort consisted of 74 MPM patients, including 16 patients who survived at least 60 months. We analyzed location-specific tissue expression of seven fibroblast markers in clinical samples using multiplexed fluorescence immunohistochemistry (mfIHC) and digital image analysis. Effect on survival was assessed using Cox regression analyses. The outcome measurement was all-cause mortality. Univariate analysis revealed that high expression of secreted protein acidic and cysteine rich (SPARC) and fibroblast activation protein in stromal cells was associated with shorter survival. Importantly, high expression of platelet-derived growth factor receptor beta (PDGFRB) in tumor cells, but not in stromal cells, was associated with shorter survival (hazard ratio [HR] = 1.02, p <0.001). A multivariable survival analysis adjusted for clinical parameters and stromal mfIHC markers revealed that tumor cell PDGFRB and stromal SPARC remained independently associated with survival (HR = 1.01, 95% confidence interval [CI] = 1.00-1.03 and HR = 1.05, 95% CI = 1.00-1.11, respectively). The prognostic effect of PDGFRB was validated with an artificial intelligence-based analysis method and further externally validated in another cohort of 117 MPM patients. In external validation, high tumor cell PDGFRB expression associated with shorter survival, especially in the epithelioid subtype. Our findings suggest PDGFRB and SPARC as potential markers for risk stratification and as targets for therapy.Peer reviewe

Norway spruce somatic embryogenesis benefits from proliferation of embryogenic tissues on filter discs and cold storage of cotyledonary embryos

Soil hydraulic properties are central for soil quality and affect forest productivity and the impacts of climate change on forests. The water retention characteristics (WRC) of mineral forest soils in Finland are not well known, and practical tools to predict them for hydrological, biogeochemical and forest models are lacking. We statistically analyzed mineral forest soils WRC from over 130 sites in Finland, focusing on the humus layer and main root zone (0–19 cm depth). We showed that mineral forest soils can be grouped into five WRC classes that are well predictable from soil bulk density, organic matter content and clay fraction. However, the majority of the forest soils are hydrologically rather similar. We found that neither topsoil maps nor any combination of open geospatial data were able to predict WRC. Thus, in the absence of site-specific soil data, parameterizing WRC as a function of forest site fertility type was proposed. We demonstrated the approach in soil moisture modeling at a small forest headwater catchment and showed that the soil moisture response to weather conditions is jointly affected by WRC, stand attributes and topography. We showed that drought risks are highest for dense mature forests at nutrient-poor, coarse-textured sites and lower for young stands on peatlands and lowland herb-rich sites with groundwater influence. The results improve hydrological predictions for Finnish forests, and the open dataset can contribute to the larger synthesis and development of boreal forest soil pedo-transfer functions

Wikipedia – monta näkökulmaa avoimeen tietosanakirjaan

Kuusi näkökulmaa Wikipediaan: Wikipedia monitieteisenä tutkimuskohteena (Bo-Christer Björk ja Mikko Välimäki); Lyhyt katsaus suomenkieliseen Wikipediaan (Joonas Lyytinen ja Timo Jyrinki); Wikipedia ja filosofit: huomioita wikipedioiden epistemologisesta potentiaalista (Tere Vadén); Wikipedia joukkoälyn muotona (Kari A. Hintikka); Wikipedia kaupallisen tietosanakirjan haastajana (Juha Honkala); Wikipedia, vapaus ja sensuuri (Teemu Mikkonen); Wikipedia ja yhteisön luoman sisällön tekijänoikeudelliset haasteet (Mikko Välimäki)